Пример конверсии звукового файла в формате flac в формат alac в контейнере m4a. Для начала надо установить необходимые программы:
sudo apt-get install ffmpeg cuetools shntool monkeys-audio
cuebreakpoints <file>.cue | shnsplit -o flac <file>.ape && cuetag <file>.cue split-track*.flac
for f in *.flac; do ffmpeg -i "$f" -vn -codec:a alac "${f%.flac}.m4a"; done;